海拉尔铁路运输检察院是内蒙古自治区人民检察院派出院，正处级建制。组建于1982年，2012年移交自治区党委和自治区人民检察院，实行属地管理。现人财物隶属内蒙古自治区检察院领导，检察业务同时接受内蒙古、黑龙江两省领导，日常工作由呼和浩特铁检分院领导。内设第一检察部、第二检察部、第三检察部、办公室、政治部，另设司法警察大队，共六个职能部门。

案件管辖情况：一是负责办理呼伦贝尔区域内传统涉铁刑事检察业务，管辖范围东起成吉思汗站，西至满洲里站，北起满归站，南至阿尔山北站，运营里程1700.6公里。辖区内的满洲里站是全国最大的铁路口岸站，是国家“一带一路”发展战略重要节点；二是负责办理呼伦贝尔区域内涉铁公益诉讼和自治区检察院交办的公益诉讼业务；三是自2024年1月1日起，新增管辖呼伦贝尔区域内14个旗市区、兴安盟区域内6个旗市县以及内蒙古大兴安岭森林公安所辖区域的28个罪名的环境资源刑事案件及附带的民事、行政公益诉讼案件。